"Таємна Вечеря" була предметом безлічі гіпотез, в основному стосовно начебто прихованих натяків, які присутні в картині.

Інформаційний технолог Славіс Песча (Slavisa Pesci) створила цікавий візуальний ефект шляхом накладання напівпрозорого, дзеркального відбивання картини поверх оригіналу. У результаті на обох кінцях столу з`явилися дві постаті, які виглядають як тамплієри, у той час, коли якийсь чоловік або жінка з немовлям стоїть ліворуч від Ісуса.

Італійський музикант Джованні Марія Пала (Giovanni Maria Pala) також вказав на те, що положення рук і хліба можуть бути інтерпретовані як ноти на нотному стані, й якщо їх читати справа наліво, що було характерним для методу листа Леонардо, вони складають музичну композицію.